교육부는 시도 교육청에 보낸 공문에서 "사립학교법 개정 문제는 국회에서 여야가 논의 중인 사항으로 아직 정치 사회적으로 합의가 안된 내용"이라며 "이를 공동수업 자료로 만들어 계기교육을 시행하는 것은 미성숙한 학생들에게 편향된 가치관을 심어줄 뿐 만 아니라 교육의 중립성을 훼손할 우려가 매우 크다"고 밝혔다.
교육부는 "학교에서 계기교육을 실시하고자 할 때에는 학교장의 사전승인을 받도록 돼 있는 지침을 철저히 준수해 달라"며 "공동수업 자료를 활용한 계기교육으로 교육의 중립성을 훼손하는 일이 없도록 시도 교육청은 장학지도를 강화해달라"고 당부했다.