일본의 초, 중 의무교육 단계에서 규제 완화와 공립학교에 대한 불신이 증대하고, 아동이나 학부모들에게 선택할 수 있는 권리를 주고, 학교간의 경쟁을 통하여 학교 교육 활성화를 기하기 위한 정책으로 학교선택제가 2000년도에 최초로 도입되었다. 그러나 이로 인하여 학교간 학생 수의 격차 발생 등 폐해로 인하여 이를 계속 유지할 것인가에 대하여 기로에 서 있다.

모든 제도에는 장점과 단점이 공존하듯이 장점으로는 학교선택제로 인하여 학생들이 가고 싶은 학교를 선택하게 됨에 따라 학교가 특색 있는 학교 만들기에 노력하게 되었으며, 선택받기 위한 학교가 되기 위하여 교원들의 의식이 변하였다.

그러나 단점이 더 문제다. 교사의 노력과는 전혀 상관이 없는 시설이 좋으니까, 제복이 좋으니까, 역에 가까우니까 하는 점을 택하여 학교를 선택하는 경우도 있어 인기가 있는 원인은 여러 가지지만 처음 도입시 생각한 것 보다 폐해가 크게 나타나고 있다. 특히 학생 수 격차로 학교를 통폐합하지 않으며 안 되는 경우도 있어 현재의 시설을 유용하게 활용하기 못한다는 점으로 경제적 낭비를 가져오고 있다는 지적이다.

학교선택제를 처음으로 도입한 지역은 도쿄도 시나가와구다. 2006년도 문부과학성 통계 조사에 의하면 초등학교는 14.2%, 중학교는 13.9% 수준에서 자치단체가 도입을 하고 있다. 2002년도에 이 제도를 도입한 도쿄도 강동구(江東區)는 수정을 결정하였다. 지금까지는 구내 전역에서 어디라도 자기가 선택하여 갈 수 있도록 하였으나, 전차나 버스로 통학하는 초등학생도 있어 지역간의 연계가 희박하게 되어 걱정하는 소리도 있다. 이에 2009년도에는 걸어서 통학할 수 있는 범위의 학교만 지원할 수 있도록 하였다.

교육문제 해결에 있어서 이 같은 학교선택제제를 도입하기만 하면 학교교육이 활성화가 될 것이라는 것은 교육 문제에 대한 통찰력이 부족하기 때문이다. 특히 이 같은 제도 실시에 의하여 발생되는 소규모 학교의 문제이다.

소규모 학교는 그 특성을 살린 교육을 할 수 있는 좋은 점도 있지만 이도 한계가 있다. 한번 학생 수가 줄기 시작하면 부정적으로 보는 시각으로 확산되어 좋은 이미지로 바꾸는 것은 매우 어렵게 된다.

이는 결국에 학교 통폐합이라는 문제에 이르게 되어 학부모들 입장에서 보면 교육행정이 실험적으로 실시한 것으로 통폐합의 근거를 만들기 위하여 실시하는 것은 아닌가 하는 의문시하는 소리도 있다.