일본 고등학교에서 잇따른 필수 과목 누락 문제, 초중학교에서의 왕따 문제 등을 둘러싸고, 교육위원회가 거의 기능을 다하지 못하였다는 것이다. 이에 교육위원회 제도의 개혁을 요구하는 소리가 잇따르고 있다.

도도부현이나 시읍면의 교육위원회는 이수 상황이나 집단 괴롭힘의 실태를 파악해, 기민하게 대응할 필요가 있음에도 불구하고, 거의 기능을 다하지 않았기 때문이다. 교육위원회 개혁은 교육기본법 개정안의 심의나 아베 수상 직속의 교육 재생 회의에서도 초점이 될 것 같다.
　
이부키 문부과학 장관은 ２일의 기자 회견에서, 「성실함과 규범의식이 없으면 문제는 해결되지 않는다. 자세를 가다듬어 국민의 소리에 응해 주었으면 한다」라고 말해 전국의 교육위원장에 긴장감을 가지고 교직원 지도에 임하도록 서면으로 호소할 것을 밝혔다.

다른 각료로부터도, 「교육위원은 명예직이서서는 곤란하다. 교육위원이 진심으로 싸우고 일하면 좋겠다」라는 등 개혁을 요구하는 소리가 잇따르고 있다.
　
교육위원회 제도는 정치로부터의 독립을 유지하기 위해 1948년에 도입되었다. 수장으로부터 의회의 동의를 얻어 임명된 교육위원이 사무국을 감독하는 구조다. 그러나, 최근 조직의 역할 부족이 지적되고 있다.
　
문제시되고 있는 것은 교육위원의 인선 과정이다.「기계적으로 지역의 명사를 선택하거나 수장이 자신의 선거 대책 본부장을 위원으로 앉히는 경우도 있다」라는 것이다.「교육장은 교원 출신자가 대부분으로 교육 현장과 밀착관계가 된다」라는 비판도 있어, 교육에 관한 높은 견식을 가진 사람을 엄선 해야 한다 라는 소리가 강하다.
　
교육위원은 도도부현이나 시읍면에 설치된 교육위원회를 구성하는 위원으로수장의 피선거권을 가지는 유식자중에서, 지사나 시읍면장이 의회의 동의를 얻어 임명한다. 원칙적으로 ５인이지만, 조례로 도도부현과 정령시는 ６인, 도시와 시골은 3인으로 변경할 수 있다. 임기는 ４년이며, 위원장은 위원중에서 선임된다.
　
미이수와 같은 사태가 일어났을 경우, 학교장, 교육위원회, 문부 과학성 등의 책임이 애매하게 된다고 하는 문제도 있다. 학습 지도 요령을 정하고 있는 것은 문부 과학성에서, 공립 고등학교의 설치·운영을 하고 있는 것은 도도부현 교육위원회이지만, 실제로 커리큘럼을 결정하는 것은 학교장이다.

책임을 명확하게 하기 위해 정부의 규제 개혁·민간 개방 추진 회의, 민주당 등은 「수장이 교육 행정에 책임을 지는 시스템으로 바꾸어야 한다」라고 주장하여 교육위원회의 폐지를 포함해 검토해야 한다고 주장하고 있다.
　
그러나 중앙 교육 심의회(문과상의 자문기관)가 2005년에 정리한 답신에서는, 현행 제도의 골격을 유지한 후의 개혁안이 포함되었다. 아베 수상도 「교육위원회에서 책임을 지고, 아이들의 장래에 대응해야 한다」라고 하고 있어 향후, 교육위원회 제도 존속을 전제로 재평가 논의가 진행될 것으로 보여진다.
　
단지, 정부·여당내에는「국가에 대한 권한을 강화하는 것이 좋다」라고 하는 생각과 「교육위원회에 더 권한을 주어 책임을 명확하게 해야 한다」라는 의견이 있어, 논의의 행방은 불투명하다.