일본 공립 초중등학교의 도서관에서 정부가 정한 목표권수를 넘은 장서를 보유하고 있는 학교는 전체 초등학교의 40.1%, 중학교의 34.9%에 그치고 있다는 사실이 문부과학성의 조사로 밝혀졌다. 2005년도 도서 구입액도 초,중등학교 합계에서 510억엔으로, 전년도에 비해 6억엔이 감소되었다. 이는 자치 단체의 재정난으로 학교 도서의 기반 정비가 늦어지고 있는 것을 알 수 있다.

학교 도서관의 장서는 구 문부성이 1993년에 확정한 「학교도서관 도서 표준」에 따라서 정비하는 것이다. 학급 수에 따른 목표권수를 정하는 방식으로 예를 들면, 한 학년 3학급, 전교에서 18학급 있는 초등학교의 경우에 약 만권으로 규정하고 있다. 문부과학성이 2006년 3월 시점의 장서 실태를 조사한 바에 의하면, 목표를 달성하고 있는 초등학교는 8908개 학교이고, 중학교는 3534개 학교이었다. 이는 전체적으로 차지하는 비율은 각각 40.1%, 34.9%였다.

전년도에 비한 상승폭은 초중등학교 양쪽 모두 2포인트를 조금 넘는데 그쳤으며, 개선 속도는 매우 느리다. 목표의 절반 미만 밖에 장서가 없는 학교도 초등학교가 6.3%, 중학교가 8.8%였다. 목표 달성을 뒷바라지하기 위해 문부과학성은 2007년도부터 5년간에 연간 200억엔, 총 1,000억 엔을 지방교부세로 지급하는 「새로운 학교 도서관 도서정비 5개년 계획」을 세우고 있다. 연간 200억엔 중 120억엔은 내용이 오래되어서 쓸모없게 되어 버려야 할 책을 새로 사는 데 충당할 갱신분이며, 80억엔을 들여서 신규도서를 구입할 예정이다.