2006년도 가을에 전국적으로 발각된 고등학교에서의 필수 과목 이수 누락에 대해서는 복수의 분과회에서 문제 제기가 있었다. 그러나 논의가 깊이 이루어지지 못하고, 「시사 문제에의 대응이 둔하다」라고 여겨지는 교연 집회의 과제가 부각되었다.

  「고등교육·선발 제도와 진로 보장」의 분과회에서는, 미야기현의 교사가 「지방에는 예비학교가 적지만, 대학에의 진학율을 올리지 않으면 안 된다고 하는 압력도 크다. 양심적으로 학생들을 보살펴 주기 위해, 미이수에 빠진 느낌이다」라고 발언하여, 수험을 의식한 수업에 치우치지 않을 수 없는 현상을 호소했다.

  「사회과 교육」분과회에서는 마지막 날 １２일, 타카시마 신흔류큐대교수가, 문부과학성이 ５０-７０ 시간의 보습 등에서 끝마치는 구제책을 나타냈던 것과 관련하여「문부과학성은, 법적 효력을 주장해 온 학습 지도 요령을 스스로 손상시켰다」라고 비판하면서, 「정리가 필요한 문제」라고 지적했다. 회장에서는, 지도 요령의 위치설정을 묻는 발언도 나왔지만, 충분히 할애할 시간이 부족했다.

  문제점으로 지적된 것은 교연집회는 「교육 현장의 실천 보고」가 테마이기 때문에 보고서 제출 마감이 전년도의 １０월경으로, 그 후에 일어난 문제에의 대응은 어렵다. 일본교원노동조합의 아카이케 히로아키·교육 문화국 차장은 이를 과제라고 인정하면서 「시사 문제는, 토의에서 대응 할 수 밖에 없는 것이 사실」이라고도 이야기함으로, 현재의 운영 방법은 바꾸지 않을 방침을 나타냈다.