NEIS 폐지를 주장하는 일부 단체의 주장을 수용할 경우 최악의 상황은 생활기록부와 건강기록부가 폐지될 수도 있다. CS를 보완해 사용하라는 권고안을 시행하라는 일각의 주장은 단위학교의 교육행정업무 마비를 야기시키거나 일부 교사의 업무 과중을 초래할 수 있다.

SA, CS로 학교생활기록부 전산시스템이 변화되면서 운영자의 노력에도 불구하고 자료가 잘못된 상태에서 운영된 경우가 많이 있다. 이러한 자료를 NEIS로 이관하면서 자료가 정확하고 안정적으로 구축이 돼 자료에 대한 신뢰성이 향상됐다. CS는 외부로부터의 해킹이 용이하며 실제로 그동안 1300여건의 학교서버 해킹 사례가 있다.

일각에서는 해커들이 경유지로 이용하고 있기 때문에 별 문제가 없다는 주장도 있지만 누군가 성적에 대한 자료를 수정했을지도 모르는데 이럴 경우 모든 자료를 일일이 대조해 확인한다는 것은 거의 불가능하다. 현재 서버의 유지 관리가 어려워 업체에 서버의 관리를 위탁하고 있는데 이들에 의한 정보의 외부유출에 대해 학교에서 감시하거나 알아낼 수 없는 실정이다.

인권위 권고에서 인권에 대한 판단 기준이 납득하기 어렵다. 수가, SA, CS를 제소할 경우 역시 동일한 결정이 내려질 것이다. 생활기록부와 건강기록부의 전산화가 이뤄지면서 나름대로의 순기능과 역기능이 공존하는 상황에서 CS와 NEIS에 대한 면밀한 확인이 이뤄지지 못한 편향적인
시각에서 내려진 결정이라는 것이 학교 현장의 시각이다.

교육부가 1일 고2 이하의 학년에서도 NEIS를 시행할 수 있는 지침을 내렸지만 각 시·도교육감, 학교장, 교사들에게 책임을 전가한 것은 문제가 있다. 인증서를 거부하는 교사가 한 명이라도 있을 경우 정상적인 시행이 어렵다. 단위학교에서 다른 교사에게 권한을 부여해 운영할 수는 있겠지만 이것이 정상적인 운영은 아니다.

모든 교사가 동일한 시스템을 사용해 정상적인 학사업무를 처리해야 한다. NEIS는 자료의 이중 입력을 방지해 업무의 효율성과 잡무경감을 가져올 수 있으며 패치, 백업 및 서버관리를 하던 업무담당자의 부담을 줄일 수 있다. 또 업무 분장과 보안관리 측변에서 더 효율적이며 시기별 업무를 처리할 경우 연수형식을 빌어서 함께 모여 처리할 수 있기 때문에 업무를 처음 담당하더라도 부담이 줄어든다.

교육부, 교총, 전교조, 한교조, 시도교육청 장학사, 단위학교 업무담당자들로 구성된 정보화운영위원회를 재구성해 시스템 보완시 현장의 의견이 수렴, 반영돼야 한다. 교육적인 측면과 인권적인 측면을 고려해 필요하다면 법률 개정도 있어야 한다.