인권위의 견해는 추상적인 헌법상의 이론에 불과하며 구체적으로 NEIS의 근거가 되는 법률에 위헌 요소가 있는 지 여부에 관한 검토가 소홀한 점이 있다고 생각한다. 따라서 NEIS의 근거가 되는 법률의 인권침해에 관한 위헌성이 검토돼야 한다.

공공기관에서 국민의 정보를 수집하는 것이 적법한 지 아닌 지 여부는 공공기관의 개인정보보호에 관한 법률에 의해 일차로 판단된다. 동 법률 제4조에서 정보주체의 동의가 있거나 다른 법률에 수집대상 개인정보가 명시되어 있는 경우에는 그 정보를 수집할 수 있다고 규정하고 있는데
초·중등교육법, 학교보건법, 교육공무원법의 구체적인 개별조항에 위헌요소가 있는지를 판단해야 한다.

NEIS에 의한 교육공무원 인사기록카드 관리의 적법성은 교육공무원법 제23조의 2에 의해 보장된다고 할 수 있다. 공공기관의 개인 정보보호에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의하면 학부모의 동의가 있거나 다른 법률에서 정하는 소관업무를 수행하기 위해 처리정보를 이용할 상당한 이유가 있는 경우라는 규정에 의해 행정기관이 정보를 공동으로 이용하는 근거를 두고 있으므로 법적으로 문제점이 없다.

나아가 전국단위 증명발급의 경우도 전자정부법 제34조에 의해 적법성에 의문이 없다. 학교생활기록부 및 학생건강기록부 등 NEIS로 처리되는 경우 시·도교육청 및 교육부에 시스템을 구축하고 운영하는 것이므로 공적업무로 봐야 하고 NEIS로 생산되는 문서도 당연히 공문서가 된다.

NEIS로 학생 및 교육공무원에 관한 개인정보를 입력, 수집, 관리하고 행정기관 사이에 고동으로 이용하는 것이 일반적·관념적으로 말하는 개인 사생활의 침해금지에 해당돼 보는 각도와 견해에 따라 의견이 달라지겠지만 공공기관의 개인정보보호에 관한 법률의 규정을 준수하면 법적으로는 인권침해의 문제는 없다고 할 수 있다. 통상 논의되는 정보유출에 의한 인권침해는 컴퓨터시대, 인터넷 세상, 전자정부라는 현실에서 과거의 시스템하에서 보다 가능성이 더 크다고 할 뿐이지 언제나 있을 수 있는 문제이기 때문이다.

NEIS에 부정적인 견해는 빅 브라더 국가 도는 빅 브라더 정부를 경계하는 심정적 차원에서 제기된 면이 크다고 보인다. NEIS 반대이론에 입각하면 주민등록법, 센세스에 관한 통계법, 심지어 호적법, 부동산등기법 등 국가기관이 작성·운영하는 이들 제도나 개인업체(국공영 거대기업도
포함)에 제출하는 이력서 관행도 모두 개인정보의 누출로 인해 사생활이 침해될 우려가 있다고 할 것이다.

국가기관의 정보축적의 한계라든가 다른 제도와의 비교에서 교총이 그간 제기한 문제점의 보완으로 NEIS는 하등 위헌·위법 문제없이 전자시대에 부응하는 새 교육행정 정보시스템으로서 기능돼야 한다.