국립대학의 수업료와 입학금에 대해서, 문부 과학성은 2008년도부터, 대학이 보다 자유롭게 결정할 수 있도록 하는 제도를 재검토한다. 각 대학은 현재, 문부과학성이 기준으로서 정하는 「표준액」의 １할 정도를 상한선으로 금액을 결정하고 있지만, 이것을 ２할까지 확대할 예정이다. 단지, 대부분의 대학은 수험생이 줄어들 수도 있다는 염려로 수업료 인상에 신중을 기하고 있으며, 실제로 어느 정도 차이가 날지는 아직 불투명하다.

국립대의 수업료와 입학금은 03년도까지는 전 대학이 일률적이었고, 물가상승이나 사립대학과의 균형을 이유로 거의 ２년에 한번 정도 인상하였었다. 2004년도부터, 대학의 법인화에 맞추어 「표준액」방식이 도입되었다.

문부과학성은 금년도 중에 법령을 개정해 상한을 표준액의 ２할 정도 인상한다. 표준액 자체는, 각 대학이 정하는 ６연간의 중기 계획의 기간중은 그대로 둔다. 중기 계획은 법인화와 동시에 시작되어 있어 최종 연도의 ０９년도까지 수업료의 표준액은 현행의 매년 53만 5,800엔이 된다. 금년도의 수업료가 표준액을 웃도는 것은, 전국 ８７ 개 대학 중 토호쿠대 대학원의 경제학 연구과(회계 전문직 전공)와 도쿄 농공대대학원의 기술 경영 연구과(기술 위기 관리 전공) 뿐이다.

법인화와 더불어 각 대학에는「운영비 교부금」이 배분되고 있다. 그 금액은, 표준액수를 인상하면 수업료의 개정과는 관계없는 것으로 줄어들고, 2005년도부터 매년 １%씩 삭감되고 있다. 이 때문에, 국립대학 협회는 표준액수의 인상에 대해「자율적인 경영을 노래한 법인화의 취지에 반한다」라고 억제를 강하게 요구하고 있다. 문부과학성과 재무성이 절충 해 중기 계획중은 그대로 두고, 수업료 인상폭에 대해 대학의 재량을 늘리는 것에 합의했다.