일본 문부과학성 고등교육국은 최근 발표한 대학 구조개혁 방침 문건을 통해 "대학의 구조개혁 없이는 일본의 재생과 발전은 없다"며 국제 경쟁력을 갖춘 국립대학의 재건을 목표로 '국립 대학의 재편·통합의 대담한 추진', '국립 대학에 민간적 발상의 경영기법의 도입(국립대학 법인화)',
'제3자 평가에 의한 경쟁 원리의 도입' 등 구조개혁 3대 방침을 내세웠다.

특히 '제3자 평가에 의한 경쟁 원리 도입' 방침은 경쟁력을 갖춘 대학을 제3자 평가로 선정해 중점 지원함으로써 각 대학이 세계 톱 수준의 교육·연구환경을 정비하도록 경쟁적 환경을 조성한다는 취지에서였다.

　그 일환으로 시작된 것이 2002년 도입된 '세계적 교육·연구 거점 형성을 위한 중점적 지원-21세기 COE(Center of Excellence; 중핵적 연구거점) 프로그램'이다(당초 명칭은 TOP 30)

주로 연구력에 있어서 가능성이 높은 대학에 대해 교육·연구 거점에 대한 중점적 지원을 기획했던 것인데, 이는 현재의 과학연구비 보조금과 같은 개인·그룹의 연구과제 관련 연구조성에 비해 고도의 인재육성 기능도 포함한 지원을 의미한다. 미리 대학을 선정한다거나 대학 순위를 매기는 것이 아니라 연구조직의 신청서에 근거하고 전문가인 동료에 의한 평가로 심사·선정한다.

문부과학성은 이 제도를 통해 각 대학의 개성이나 특색이 명확히 드러나는 계기가 되고 국·공·사립대학간의 경쟁을 통해 대학 전체의 수준 향상 및 활성화에도 연결될 것으로 기대하고 있다.

21세기 COE 프로그램은 우선 다섯 학문분야로 나눠 일정 경비를 수년간 지속적으로 배분하는 구조로 지원된다. 2002년도부터는 본격적으로 제3자 평가에 근거한 경쟁원리를 적용해 세계적인 연구 교육 거점의 형성을 중점 지원하고, 국제 경쟁력을 갖춘 세계 최고 수준의 대학을 만든다는 전략이다.

이 프로그램은 대학원 박사과정 전공 등 연구교육 거점 형성계획을 각 대학 학장으로부터 신청 받아 학문 분야별로 제3자 평가를 행한 후, 보조금을 교부하게 되며 선정업무는 일본학술진흥회(JSPS)를 중심으로 구성된 '21세기 COE 프로그램 위원회'에서 하도록 했다.

이에 따라 지난해 7월에는 처음으로 생명과학, 화학·재료과학, 정보·전기·전자, 인문과학, 학제·복합·신영역 등 다섯 영역별로 지원팀을 모집했으며 모두 163개 대학에서 464개 팀이 응모했다. 그리고 10월 29일 113개 팀이 선정됐다.

하지만 선정 결과가 일부 명문대학에 편중됐다는 비판이 제기되면서 논란이 일었다. 실제로 선정결과에 따르면 113개 팀(50개 대학) 중 동경대(11팀), 쿄토대(11팀), 오오사카대(7팀), 나고야대(7팀), 동북대(5팀) 등 이른바 국립 명문대에 집중됐고, 사립의 경우도 게이오대(5팀), 와세다대(5팀) 등 몇몇 명문대학교에 한정됐다.

2002년도 채택 거점 보조금은 총 167억엔이 교부될 예정인데 이·공계열팀이 통상 1∼3억엔 대를 배당 받는 반면, 인문분야는 통상 1억엔 내의 보조금으로 분포됐다. 이와 관련 전국대학고전교직원조합(全國大學高專敎職員組合)은 견해서를 통해 △구 제국대학 중심의 대학서열화를 추인 반복하는 방식으로 대학이 편중 선정되었다는 점 △심사 및 채택 과정이 일절 공개되지 않았다는 점 △채택분야가 실용화를 기준으로 기초과학·인문·사회과학을 경시했다는 점 등을 문제점으로 지적했다.

이러한 상황은 한국의 BK21 사업에서도 나타났던 것과 유사한 상황이라 할 수 있는데, 역시 일부 명문 국립대에의 집중현상이나 기초학문 분야 및 인문 분야 홀대 현상으로 인해 대학의 균형 발전을 도모한다는 면에서는 재고의 여지가 있는 것으로 보인다.