학교운영위원 중 학부모위원 선출이 시행령에서 규정한 학부모 전체회의에서 직선하는 방식을 취하지 않고 예외교정에서 제한적으로 허용하는 학급별 대표로 구성된 학부모대표회의에서 간접 선출하는 등 문제가 있는 것으로 밝혀졌다.

교육부가 국감자료로 국회 교육위 이규택의원(한나라당·경기여주)에게 제출한 자료에 따르면 학운위 학부모위원의 경우 전국 초·중·고의 67.1%인 6741개교만 직선으로 선출됐으며 32.9%인 3309개교는 간선으로 선출되었다. 특히 서울(간선 비율 78.7%), 부산(〃 83.4%) 등 대도시의 경우 간선 비율이 높은 것으로 나타났다.

사립교의 경우 시행령은 교원위원 선발을 교직원 전체회의에서 추천한 자 중 학교장이 위촉하도록 되어있으나 교직원 전체회의에서 단수가 아닌 2∼3배수로 추천해 이중 학교장이 위촉하는 방식이 일반화된 것으로 나타났다.

전국 초·중·고 사립교의 20.2%인 347개교가 단수 추천방식을, 65.5%인 1128개교가 2배수 추천방식을, 14.3%인 247개교가 3배수 추천을 해 이중 학교장이 위촉하고 있다는 것이다.