교원임용과 학사운영, 교재 사용에 자율권을 가지는 학교를 말한다. 초·중등교육법과 동 시행령에 의해 이와 같은 특례를 인정받으나, 실제 운영은 그렇지 못하다. 전국 단위로 학생을 선발할 수 있고, 교장자격이 없어도 교장이 가능하며, 교과용도서를 자체적으로 개발하여 사용하는 정도의 권한을 가진다.
국·공·사립의 초·중·고가 법적인 대상이나 지금은 농어촌고교, 특성화고교, 특수목적고만 지정하고 있다. 도시의 일반고는 제외된다. 99년 첫 도입됐고 내년이면 44개교가 시범 운영된다. 계약에 의해 학교를 운영하는 미국의 차터스쿨, 재정지원을 받으면서 자율경영을 할 수 있는 영국의 교부금지원학교가 자율학교의 대표 사례이다.
